При распаде Киевской Руси образовалось около 10 самостоятельных княжеств, в дальнейшем они продолжали дробиться и их количество увеличивалось. Крупнейшими русскими княжествами являлись: Владимиро-Суздальское, Галицко-Волынское, Киевское, Переяславское, Полоцкое, Рязанское, Смоленское, Турово-Пинское, Черниговское и Новгородская феодальная республика.

Наиболее сильными из них являлись: Владимиро-Суздальское, Галицко-Волынское, Смоленское и Черниговское княжества, между которыми развернулось противостояние за киевский престол и доминирование в общерусских делах. Если смоленские и черниговские князья стремились занять киевское княжение лично, то владимиро-суздальские и волынские — через младших родственников или союзников. Киев продолжал считаться главным городом Руси, но стремительно терял своё значение. В ходе княжеских междоусобиц, в 1169 году Киев впервые был разгромлен суздальским князем Андреем Боголюбским. С этим событием ряд историков связывают окончательное падение роли Киева, как общерусской столицы, и «отделение старшинства от места». Впоследствии Киев был ещё раз разгромлен в 1203 году смоленским князем Рюриком Ростиславичем.

Во Владимиро-Суздальском княжестве после войны за наследство Андрея Боголюбского утвердилась сильная княжеская власть, опиравшаяся на новый служилый слой, прообраз дворянства. Именно Владимиро-Суздальское великое княжество стало ядром современного Российского государства. В период длительного правления Всеволода Большое Гнездо, Владимирское княжество достигло наивысшего расцвета и было сильнейшим княжеством Руси. Переяславское, Рязанское (с середины XIII века и Смоленское) княжества оказались в сфере влияния владимиро-суздальских князей.

В Новгороде, в отличие от других русских княжеств установился республиканский строй, при котором вече во главе с боярством назначало посадников, приглашало и изгоняло князей. Новгородская дипломатия позволяла использовать противоречия между ведущими княжескими группировками, занимать сторону одной из них и выходить из борьбы победителями, тем самым сохраняя новгородский политический уклад, хотя владимиро-суздальские князья имели возможность использовать зависимость Новгорода, не способного себя прокормить по причине сурового климата, от поставок зерна из суздальского Ополья. Новгород вёл активную торговлю и дипломатические сношения со странами Северо—Западной Европы, был членом Ганзейского союза европейских городов.

Галицко-Волынское княжество, включившее в себя земли Прикарпатья и Волыни, отличалось мощной земельной аристократией. В войне за восстановление единства княжества (1205—1245) галицкая земельная аристократия, а также венгерские и польские интервенты потерпели поражение, также были ликвидированы основные уделы на Волыни. В 1253 году галицкий князь Даниил Романович в целях противостояния монголам пошёл на союз с католическим Римом и принял титул «Король Руси». Время правления Даниила Романовича было периодом наибольшего экономического и политического усиления Юго-Западной Руси, однако в дальнейшем при его потомках Волынское княжество пришло в упадок и было поглощено Литвой и Польшей.

Междоусобная борьба сочеталась с половецкими набегами из причерноморских степей. Но если в середине XII века натиск был довольно велик, то после 1185 года половцы появлялись на Руси только в качестве союзников одной из противоборствующих княжеских группировок. Половецкая знать интенсивно христианизировалась, а в 1223 году обратилась за помощью к русским князьям против монголов (Битва на Калке).

Московское княжество было выделено из великого княжества Владимирского в 1263 году согласно завещанию великого князя владимирского Александра Невского его младшему сыну Даниилу Александровичу. Первоначально Московское княжество после своего образования в 1263 году включало только земли в среднем течении реки Москвы. Его столица Москва была единственным городом княжества.

После Даниила Александровича Московским княжеством правили его потомки. В 1328 году Москва одержала верх в борьбе с Тверью за великое княжение Владимирское. С 1363 года ярлык на великое княжение Владимирское принадлежал только московским князьям.

В середине XIII века Миндовг основал Великое княжество Литовское. К 1320-м годам Литва распространила свою власть на западнорусские земли. В 1362 году Литва разбила татар при Синих Водах и присоединила южную Русь.

В 1299 году после очередного разорения южной Руси ордынцами киевский митрополит переехал во Владимир (в 1354 году перенос кафедры был подтверждён Константинополем). Почти сразу после этого на юге возникла Галицкая митрополия, а затем Литовская, существовавшие впоследствии с перерывами. Киевский митрополит в 1325 году вторично поменял резиденцию, переехав в Москву. Впоследствии великие княжества Московское и Литовское стремились к тому, чтобы именно их претендент занимал общерусскую митрополию или как минимум был свой митрополит в те периоды, когда общерусская митрополия контролировалась «чужим» претендентом.

В период правления Дмитрия Донского (1359—1389) Московское княжество становится одним из главных центров объединения русских земель, а Владимирское великое княжество стало наследственной собственностью московских князей. Серия литовских походов против Московского княжества на рубеже 1360-х 1370-х оказалась безрезультатной, и Москва отстояла тем самым статус одного из центров объединения русских земель. В этот же период был построен белокаменный московский Кремль, раньше, чем в других княжествах начата чеканка серебряной монеты, впервые стало использоваться огнестрельное оружие.

Дмитрий Донской одержал важные победы над Золотой ордой: 11 августа 1378 года в битве на реке Воже русское войско одержало первую крупную победу над войсками Орды. 8 сентября 1380 года — основные силы Орды были разбиты русскими войсками в Куликовской битве. Победы войск Дмитрия Донского отражены в русских литературных памятниках: «Сказание о Мамаевом побоище» и «Задонщина». Однако уже через 2 года, объединивший Орду новый хан Тохтамыш, напал и сжёг Москву (1382). В результате нового разорения, Дмитрий был вынужден возобновить выплату дани Орде и признал независимость Тверского княжества, а Тохтамыш признал великое княжение Владимирское наследственным владением московских князей.

В 1384 был заключён договор между Дмитрием и Ягайло о женитьбе последнего на дочери Дмитрия и признании православия государственной религией Великого княжества Литовского. Однако уже в 1385 году Ягайло женился на польской принцессе и принял католицизм, заключив первую польско-литовскую унию. К рубежу XIV—XV веков все русские земли, за исключением отошедших к Польше, были разделены между Московским и Литовским великими княжествами, их граница прошла по реке Угре. Однако Литва под военно-политическим нажимом Орды, Ордена и Москвы всё чаще прибегала к польской помощи, и влияние Польши в юго-западной Руси неуклонно росло.

В первой половине XV века Золотая Орда окончательно распалась. На её месте образовались: Казанское, Сибирское, Крымское и Астраханское ханства, а также Большая и Ногайские Орды. В начале XVI века Большая Орда, правопреемница Золотой, прекратила своё существование.

Во второй четверти XV века в Московском княжестве произошла продолжительная борьба за власть, в которой семейный порядок наследования престола одержал верх над родовым. Московская митрополия добилась фактической независимости от константинопольской церкви (1448), в условиях турецкой экспансии вступившей в унию.